在留手数料10月改定が確定｜9月30日までに申請できる人・オンライン切替の手順

2026年8月28日、出入国在留管理庁は、在留資格の変更許可・在留期間の更新許可・永住許可にかかる手数料を2026年10月1日から改定することを正式に公表しました。8月1日の記事「在留手続の手数料引き上げ｜2026年10月施行案と企業のコスト対策」でお伝えした政令案が、そのままの金額で確定した形です。

本記事では、確定した料金表を確認したうえで、9月30日までに申請すれば旧料金で済むのは誰なのか、そして10月以降に変わるオンライン申請の納付方法と、企業が9月中に決めておくべきことを整理します。

確定した手数料一覧（2026年10月1日以降の申請分）

今回の改定で最も注意が必要なのは、変更許可・更新許可の手数料が「申請の種類」ではなく「許可された在留期間」で決まる点です。申請の時点では金額が確定せず、審査の結果が出て初めて納付額がわかります。

オンライン申請では、上記に加えて決済手数料が別途かかります。それでも1年の許可なら窓口33,000円に対しオンラインは27,000円と、6,000円の差があります。5年以上なら差は10,000円です。人数がまとまる企業ほど、オンライン申請への切り替えが費用に直結します。

9月30日までに申請できる人・できない人

入管庁は、「令和8年9月30日までに行われた申請」については、許可が10月1日以降になっても改定前の手数料でよいと明記しました。基準は許可日ではなく申請の受付日です。ただし、誰でも前倒しで申請できるわけではありません。

更新申請：在留期限が12月末ごろまでの方

在留期間更新許可申請は、原則として在留期限の3か月前から受け付けられます。9月30日に申請できるのは、在留期限がおおむね2026年12月末までに到来する方です。2027年1月以降に期限を迎える方は、手数料改定を理由に早期申請することはできません。入管庁が例外として認める「特別な事情」は、長期の海外出張や入院、家族の同時申請などで、手数料の改定は含まれていません。

変更申請：すでに変更事由が生じている方

在留資格変更許可申請は「変更の事由が生じたら速やかに」が原則です。たとえば技能実習から特定技能への移行で、すでに試験合格・雇用契約の締結・支援計画の準備が整っているなら、9月中の申請を検討する価値があります。逆に、まだ内定段階で契約もこれからという案件を、手数料のために前倒しすることはできません。

永住許可申請：要件を満たしているなら急ぐ価値あり

永住許可は10,000円から200,000円へ、20倍になります。永住申請には申請時期の制限がないため、居住年数・年収・納税・年金の要件をすでに満たしている方は、9月30日までの受付が最も費用に影響します。

ただし、永住申請では直近の課税・納税証明書や年金の納付記録が厳しく審査されます。書類が不十分なまま急いで申請して不許可になれば、手数料を節約するどころか再申請の負担が増えます。まずは永住申請の年金・税金チェックリストでご自身の状況を確認してください。永住許可についてはガイドラインの厳格化も予定されているため、手数料と審査基準の両面で早めの準備が重要です。

10月からオンライン申請の納付方法が変わる

手数料の額と同時に、納付方法も変更されます。10月1日以降にオンラインで受け付けた申請では、収入印紙による納付ができなくなり、入管庁が指定する事業者を通じたコンビニ決済または銀行決済に一本化されます。インターネットバンキングを使えばキャッシュレスで納付できます。

窓口申請は従来どおり収入印紙です。ただし、許可される在留期間によって必要な額面が変わるため、入管庁は「審査結果のハガキに記載された金額分の収入印紙を、規模の大きな郵便局等で事前に購入してから来庁してほしい」と案内しています。入管の売店やコンビニでは在庫が限られます。収入印紙の購入は現金のみである点にもご注意ください。

また、決済案内は入管庁が指定した事業者からのみ送られます。それ以外から納付を求めるメールが届いた場合は詐欺の可能性があります。この点は従業員ご本人にも伝えておいてください。

オンライン申請に切り替えるなら9月中に利用登録を

企業（所属機関）がオンライン申請を使うには、事前に利用者情報の登録が必要です。登録には一定の期間がかかるため、10月以降の申請をオンラインで行いたいなら、9月中に登録を済ませておくのが現実的です。

登録できるのは、外国人本人、所属機関の職員、そして申請取次行政書士などです。自社で登録・運用する体制が整わない場合は、申請取次行政書士に依頼することで、オンラインの割安な手数料を適用しつつ、従業員が入管に出向く必要もなくなります。

企業が9月中に決めておくべき3つのこと

1. 在留期限の一覧をつくり、9月中に申請できる案件を切り分ける

従業員ごとに在留期限・在留資格・次回の申請種別を一覧にし、「9月30日までに受付まで持っていける案件」と「10月以降になる案件」を分けます。12月末までに期限が来る更新案件は、いま動けば旧料金です。

2. 費用負担のルールを決め、本人に説明する

手数料の納付義務者は、許可を受ける外国人本人です。会社が負担するのか本人が負担するのかを、雇用契約書・就業規則・支援委託契約のどこで定めるか確定しておく必要があります。本人負担とする場合でも、賃金から差し引くには労働基準法24条にもとづく書面の労使協定が必要です。口頭の合意で控除すると法令違反になります。

金額感を具体的に伝えることも重要です。特定技能1号で1年の許可が続く場合、窓口申請なら1回33,000円、5年間で変更1回・更新4回とすると合計165,000円です。旧料金なら30,000円でした。この差を本人が理解していないと、更新のたびに不信感を招きます。

3. 転職時の変更申請コストを把握する

特定技能では、受入れ機関や分野を変える転職のたびに在留資格変更許可申請が必要で、そのたびに手数料が発生します。一方、技術・人文知識・国際業務は、同じ在留資格の活動範囲内の転職であれば変更許可の対象ではなく、次回の更新まで手数料はかかりません。在留資格ごとにコスト構造が異なることを、採用計画に織り込んでおいてください。

よくある質問

Q. 9月30日に申請が受け付けられれば、許可が11月でも旧料金ですか？

A. はい。入管庁のQ&Aでも、10月1日より前に申請していた方が同日以後に許可を受ける場合に納付する額は「改正前の額」と明記されています。オンライン申請の場合は、受付番号を知らせるメールで受付日を確認できます。

Q. 減額・免除の対象になる可能性はありますか？

A. 減額の対象は「生活保護法に規定する要保護者に準ずる程度に生活に困窮している」かつ「人道上の配慮をする必要がある」の両方に該当する方に限られます。難民・補完的保護対象者の認定を受けた方や人身取引等の被害者などが想定されており、就労系の在留資格で働く方は基本的に対象外です。減額される場合でも、変更・更新は10,000円まで、永住許可は20,000円までの減額です。

Q. 在留資格認定証明書（COE）の交付申請も値上がりしますか？

A. 今回改定されるのは変更許可・更新許可・永住許可の3つです。認定証明書交付申請は引き続き手数料不要です。

Q. 3年の許可を期待して申請したのに1年しか出なかった場合、手数料はどうなりますか？

A. 実際に許可された在留期間の区分（1年なら窓口33,000円）で納付します。申請時に希望した期間ではありません。長期の許可を前提に予算を組むのは避けてください。

当事務所のサポート

つづき行政書士事務所では、外国人材を雇用する企業向けに、在留期限一覧の整理と9月中に申請すべき案件の仕分け、申請取次によるオンライン申請の代行、費用負担ルールの文書化までご支援しています。申請取次行政書士として、従業員に入管へ出向いていただく必要のない形で手続きを進めることが可能です。岡崎市・豊田市・安城市をはじめ西三河全域、およびオンラインで全国に対応しています。

つづき行政書士事務所では、初回のご相談を無料でお受けしています。不許可時の無料再申請・返金規定を設けています。お電話（090-8501-7508・平日9:00〜18:00）またはお問い合わせフォームからご連絡ください。

本記事は2026年9月13日時点の公表資料に基づいています。個別の案件については、出入国在留管理庁の最新の公表資料をご確認のうえ、専門家にご相談ください。

▶ サービス詳細：永住許可申請サポート｜特定技能1号・2号｜就労ビザ（技術・人文知識・国際業務）

▶ 関連記事：在留手続の手数料引き上げ｜2026年10月施行案と企業のコスト対策｜永住許可が2027年に変わる｜年収・年金・日本語能力の新要件と今すべき準備｜名古屋出入国在留管理局への行き方

参考

• 出入国在留管理庁「令和８年１０月１日付け在留許可手数料の額の改定等について」（2026年8月28日）
• 出入国在留管理庁「令和８年１０月１日付け在留許可手数料の額の改定等に関するQ&A」
• 出入国在留管理庁「オンライン申請における手数料額及び手数料納付方法について」（2026年8月28日）
• 出入国在留管理庁「令和８年１０月１日以降における在留許可手数料の減額措置又は免除措置について」（2026年8月28日）
• 外国人雇用新聞「在留手数料10月1日改定が確定 ― 窓口とオンラインで額が違う、9月30日までに出せるのは誰か」（2026年9月4日）